Der Pokemon Online Shop ist ein virtuelles Schaufenster für Fans, die offizielle Pokemon-Artikel kaufen möchten. Dazu gehören eine Vielzahl von Plüschtieren, Handyhüllen und Zubehör, Schreibwaren, Sammelkartenprodukte und sogar Videospiele, die auf den beliebten Taschenmonstern von Nintendo und Game Freak basieren. Viele dieser Produkte sind nur in Japan erhältlich und daher wird der Pokemon-Onlineshop oft von ausländischen Pokemon-Enthusiasten besucht, die ihre Sammlung mit Artikeln erweitern möchten, die sie normalerweise anderswo nicht finden würden.
Auf der ersten Registerkarte der Startseite des Pokemon-Online-Shops werden eine Reihe vorgestellter Produkte angezeigt, die derzeit verkauft werden. Ernsthafte Sammler, die neue Veröffentlichungen kaufen möchten, können auf „Neue Veröffentlichungen“ (Fa Mai Ri) oder „Nach Kategorie suchen“ (Shang Pin kategoriwo) klicken. Mit der letzteren Option können Sie den Anfangsbuchstaben eines Pokémon auswählen und alle Produkte mit diesem Taschenmonster in einer Vielzahl von Kategorien anzeigen.
Die Hauptspielwährung im Pokemon Online Shop sind Kristalle. Diese können durch das Abschließen von Quests, Fortschritte in den Battle-Pass-Stufen und das Aufsteigen im Level verdient werden. Sie können auch in Form von Themendecks für 500 Trainer-Tokens oder einzelnen Booster-Packs für 200 Trainer-Tokens erworben werden. Der Shop verkauft auch In-Game-Artikel, darunter Kartenhüllen und Deckboxen. Die andere Währung im Spiel sind Münzen, die durch Einlösen von Codekarten erhalten werden können, die mit physischen Pokémon-Sammelkartenspiel-Produkten wie Booster-Packs und Starter-Decks geliefert werden.